İnsan x kromozomu (Xq21) polimorfizminin bazı kanser tipleriyle ilişkisinin belirlenmesi

Abstract

İnsan genomunun DNA dizisinin tamamlanmasıyla bir çok aday genle birlikte kanserojen aday genler de tahmin edilmiş ancak tahminlerin teyidi için gereken deneysel çalışmalar henüz tamamlanmamıştır. Bu tez kapsamında, Balıkesir ve Bursa hastanelerinden farklı kanser tiplerine sahip 12 birey, ve 9 sağlıklı bireyden, TUSC2’ye oldukça yüksek benzerlik ihtiva eden X kromozomu bölgesi (TXq21 olarak kısaltılmıştır) PCR ile elde edilerek DNA dizisi seviyesinde karşılaştırılmıştır. Sağlıklı ve çeşitli kanser hastası bireylerden elde edilen TXq21 DNA dizileri, BioEdit programının Sequence Alignment, Contig Assembly Program (CAP, doğru dizi tespiti için), DNADist, DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklık ağacının tespiti için), ve ClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için) alt programları kullanılarak analiz edilmiştir. BioEdit programının, DNADist ve DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklık ağacının tespiti) alt programlarının analizi sonucunda ortaya çıkan genetik ağaçta kanserli bireylerin tek dalda toplandığı bariz şekilde ortaya çıkmıştır ve TXq21 bölgesinin hemen hemen bütün kanserli bireylerde bir takım farklılıklar gösterdiği tespit edilmiştir. BioEdit programının, ClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için) alt programıyla yapılan analizde ise kanserli ve sağlıklı bireyler arasında bir polimorfik bölge (SNP, single nucleotide polymorphism) saptanmıştır. Bu polimorfik bölge incelenen bütün kanser tipleriyle çeşitli düzeylerde, ancak akciğer kanseriyle oldukça yüksek korelasyon göstermiş olup, erken teşhiste kullanılabilecek bir potansiyel göstermektedir.

With the completion of human genome sequence, candidate carcionogen genes along with many putative genes, have also been identified. The experimental work needed to confirm the function of these genes, however, have not been completed yet. With this thesis, TXq21 (TUSC2 like Xq21 region) DNA sequences from 9 healthy individuals and 12 cancer patients from Balıkesir and Bursa hospitals have been amplified via PCR and compared using bioinformatics software. TXq21 DNA sequences obtained this way were analyzed through Sequence Aligment, Contig Assembly Program (for contig construction), DNA Dist, DNAPars (for similarity degrees), and ClustalW (for alingnmet to view polymorphism) accessory applications of BioEdit program. Analysis using DNADist and DNAPars of BioEdit (for constructing similarity and distance trees) revealed that most of the cancer patients were grouped together clearly separating out from the healthy individuals. The analysis run with ClustalW (to align the sequences and to determine the polymorphic regions) of BioEdit revealed an SNP (single nucleotide polymorphism) between healthy individuals (non cancer patients) and cancer patients. This SNP has a correlation to various extends for all cancer types studied, but a very high correlation for lung cancer. With this respect, this SNP has a good potential to be a quick test for early diagnosis of various cancer types, prime of that being the lung cancer.