Türkiye'de yetiştirilen bazı zeytin (Olea europaea L.) kültivarlarında polimorfizmin araştırılması ve filogenetik analizi

Abstract

Bu çalışmanın amacı, Türkiye'de yetişen ve çoğunlukla yağ ve sofralık zeytin üretiminde kullanılan bazı zeytin çeşitleri (Olea europaea L. cv. Gemlik ve Olea europaea L. cv. Çelebi) arasındaki filogenetik ilişkileri anlamak, genomik DNA bölgelerindeki nükleotit varyasyonlarını değerlendirmek ve birkaç potansiyel polimorfik bölge analiz edilerek zeytin kültürleri arasındaki çeşitliliği belirlemektir. İki zeytin çeşidine (Gemlik ve Çelebi) ait 16 örneğin total genomik DNA'sı fenol-kloroform-izoamilalkol protokolüne göre izole edildi. 16 örneğin nrDNA ITS bölgeleri ile soğuk stresini indükleyen protein / dehidrin genine benzediği varsayılan ve DK31 olarak adlandırılan bölgesi çoğaltıldı ve dizilendi. Bu dizilerin filogenetik analizi yapıldı. ITS bölgeleri kullanılarak elde edilen ağaçların dallanma modeli tam olarak belirlenemedi. Buna rağmen kullanılan yeni markır (DK31) zeytin çeşitlerini ayırmak için yeterli miktarda polimorfizm oluşturdu ve politomi problemi çözüme kavuşturuldu.

The purposes of this study, are to understand of phylogenetic relationships, to evaluate of variations in genomic DNA regions and to determine varieties between olive cultivars by analyzing some potential polymorphic region from some olive oil and table olive cultivars (Olea europaea L. cv. Gemlik and Olea europaea L. cv. Çelebi) growing in Turkey Total genomic DNAs of 16 olive samples belonging to two olive cultivars (i.e., Çelebi and Gemlik) were isolated using phenol-chloroform-isoamyl alcohol procedure. ITS nrDNA region and stress-inducing protein/dehydrine alike putative gene, DK31, were amplified and sequenced. Phylogenetic analysis of these sequences were performed. Branching patterns of ITS nrDNA trees were not determined exactly. However, the new molecular marker, DK31, displayed sufficient polymorphism to distinguish the olive cultivars and the polytomy problem was resolved.