Türkiye’de yayılış gösteren Sideritis L. (Lamiaceae) cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonlarin its çekirdek ribozomal DNA dizilerine dayalı filogenetik analizi

Abstract

Türkiye Sideritis L. türlerinin sistematik revizyonu Duman ve Arkadaşları tarafından 2005‟te yapılmış olup, bu çalışmaya göre Türkiye‟de Sideritis L. (Lamiaceae) cinsine ait 46 türe ait 59 takson belirlenmiştir. Ülkemizde yetişen Sideritis taksonlarının çoğunluğu (46 türün 42‟si) Empedoclia seksiyonunda yer almaktadır. Sideritis L. (dağ çayı) türleri ile birçok çalışma yapılmış olmasına karşın, filogenetik akrabalık durumları için henüz moleküler veya moleküler genetik verilere dayalı bir analiz yapılmamıştır. Bu çalışma ile; Türkiye‟de yayılış gösteren Sideritis L. cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonların moleküler sistematik analizi yapılmıştır. Çalışmada çekirdek DNA‟sının (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) bölgesi kullanılmıştır. Taze bitki materyallerinden genomik DNA‟lar, fenolkloroform-izoamilalkol ve SIGMA ticari kiti kullanılarak elde edilmiştir. İzole edilen gDNA‟ların ITS bölgeleri ITS4 ve ITS5A primerleri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. Dizi analizi sonucu elde edilen ITS (ITS1, ITS2 ve 5.8S rDNA) bölgesinin DNA dizilerinin işlenmesinde Sequencher 4.10.1 programı, dizilerin hizalanmasında ClustalW programı ve filogenetik analiz için PAUP 4.0b10 programı kullanılmıştır. Sideritis cinsinin Empedoclia seksiyonuna ait taksonlar arasındaki filogenetik ilişkiyi belirlemek için PAUP 4.0b10 programında analizler yapılmıştır. Karakter temelli yöntemlerden Maksimum Parsimoni kriteri kullanılarak Heuristic (Cesaretlendirici) araştırma yapılmıştır ve ortak karar (konsensus) ağaçları oluşturulmuştur. Yine parsimoni kriteri kullanılarak Bootstrap analizi yapılmıştır. Mesafe temelli yöntemlerden ise NJ (Neighbour Joining) ve UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) analizleri yapılmıştır. Bu analizlerin sonucunda Empedoclia seksiyonu, dış gruptan ve Hesiodia seksiyonundan ayrılmıştır. Ayrıca Empedoclia seksiyonu 3 kladdan oluşmuştur.

Sideritis L. species native to Turkey were revised by Duman et al. in 2005 and the members of this genus have been delimited with 44 species in total of 55 taxa. The majority of Sideritis taxa grown in our country belongs to the section Empedoclia. Despite many of investigations on Sideritis species, an analysis based on molecular or molecular genetics data has not been done for the phylogenetic relationships, yet. For this study; taxa which belong Sideritis L. genus‟s Empedoclia section which grown in Turkey has been done systematic analysis. In study, nuclear DNA‟s (nrDNA) ITS (Internal Transcribed Spacer) region has been used. Genomic DNAs from fresh plant materials, has been extracted with using fenol-kloroformizoamilalkol and SIGMA commercial kit. Isolated gDNA‟s ITS regions have been amplified using ITS4 and ITS5A primers with PCR. Gained after sequence analysis ITS (ITS1, ITS2 ve 5.8S rRNA) regions‟ DNA sequences has been used Sequencher 4.10.1 programme to manipulate to sequences, ClustalW programme for allignment and PAUP 4.0b10 programme for phylogenetic analysis. Series of analysis were done with PAUP 4.0b10 programme to determine the phylogenetic relationship between the taxons of Empedoclia section of Sideritis genus. Heuristic resarch was done by using Maximum Parsimoni criteria which is one of the character based technique and consensus trees were constituted. Bootsrap analysis was done by using parsimony criteria once again. NJ (Neighbour Joining) and UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) analysis of range based technique also were done. As a result of this analysis, Empedoclia section was seperated from outgroup and Hesiodia section. In addition, Empedoclia section was formed 3 clad.