Zeytin tahmini bZIP transkripsiyon faktörünün moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada zeytin (Olea europaea L.) meyveli yapraklarına ait cDNA kütüphanesinden isole edilen bir cDNA molekülünün analizinin yapılması hedeflenmiştir. NCBI veri tabanından yararlanılarak bu cDNA'nın pirinç, soya fasulyesi, biber, tütün, havuç gibi bitkilerde bZIP (bazik lösin fermuarı) transkripsiyon faktörüyle yüksek benzeşme gösterdiği tespit edilmiştir ve zeytin tahmini bZIP (ztbZIP) geni adı verilmiştir. Plazmit insertlerinin dizilenmesi sonucu elde edilen dijital dosyalar BioEdit, FinchTV gibi programlarla analiz edilmiştir. Bu tahmini genin zeytinin farklı dönemlere ait dokularındaki sentezlenme durumu (ekspresyon profili), intron sayısı ve intron uzunluklarını tespit etmek için PCR primerleri tasarlanmıştır. Promotör bölgesininin dizisini çıkarmak amacıyla da TAIL-PCR primerleri tasarlanmıştır. Klonlama için gerekli olan ekspresyon primerleri dizayn edilmiştir. BioEdit programıyla nükleotit kompozisyonunun analizi sonucu 780 nükleotit uzunluğunda mRNA'ya sahip olduğu bulunmuştur. Aminoasit kompozisyonun analizinde ise 149 aminoasit kodladığı ve 16609.51 Dalton olduğu, serin, arjinin ve lizin aminoasit oranının yüksek olduğu halde sistein aminoasitinin hiç bulunmadığı tespit edilmiştir. Polimorfizm tespiti için 18 farklı zeytin bitkisinin DNA'larıyla PCR yapılmıştır. Çakır ve Memecik çeşitlerinin 141. nükleotidlerinde tek nükleotid değişikliğine rastlanmıştır. İntron analizi çalışması sonucu ztbZIP geninde introna rastlanmamıştır. Tahmini promotör bölgesinde yaklaşık 500 nükleotid tespit edilmiştir. Enzim aktivite ölçümünün ilk aşaması olarak gen pPICZaC ekspresyon vektörüne klonlanmıştır. Bu çalışmayla zeytinde bulunan bZIP geninin moleküler analizi ilk kez yapılmıştır.

In this study, a cDNA molecule isolated from fruited olive (Olea europaea L.) leaves has been analyzed. BLAST analysis of the cDNA sequence in NCBI databases revealed it has homology to bZIP (basic leucine zipper) gene of rice, soy bean, pepper, tobacco and carrot. Therefore the cDNA has been named putative olive bZIP (ztbZIP) gene. Plasmid insert sequences were obtained in digital format and analysed using programs such as BioEdit and FinchTV. Spatial and temporal expression patterns of ztbZIP were determined using real - time PCR. The number of introns and intron lengths were determined using PCR primers designed fort hat purpose. Part of the putative promoter region was determined using TAIL-PCR. Cloning primers to transfer ztbZIP into an expression vector were also designed. Analysis with BioEdit program revealed ztbZIP codes 149 amino acids, it is 16609.51 Daltons, and it contains high rate of arginine, serine and lysine but no cysteine. Polymorphism analysis using 18 different olive cultivars revealed only two varieties (Cakir and Memecik) had single nucleotide polymorphisms. Intron of analysis revealed ztbZIP had no introns. About 500 nucleotide long region of the putative promoter has been sequenced. The first phase of the measurement of enzyme activity of the putative gene (cloning into expression vector pPICZaC) was carried out. In this study, molecular characterization of olive putative bZIP gene was conducted for the first time.