Zeytin tahmini gliserofosfodiester fosfodiesteraz geninin moleküler karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada zeytine (Olea europaea L.) ait bir cDNA’nın moleküler karakterizasyonu yapılmıştır. Yapılan biyoinformatik analizler sonucu cDNA’nın gliserofosfodiester fosfodiesteraz (GPPDE) genine benzer olduğu görülmüştür. GPPDE; bakteriler, mayalar, memeliler ve bitkiler dahil olmak üzere birçok canlıda farklı dizi yapısına sahip olarak bulunur. Yapılan biyoinformatik analizlerden alınan sonuçlara göre, Zeytin GPPDE (OeGPPDE) mRNA’sının 2250 nükleotit uzunluğunda, 749 aminoasit kodlayan 7 ekzon ve 6 introna sahip olduğu, 84119.6 kDA molekül ağırlığında ve GC oranının %34.35 olduğu görülmüştür. Ayrıca biyoinformatik analizler sonucu genin en çok serin aminoasidine sahip olduğu görülmüştür. Yapılan polimorfizm çalışmalarında genin zeytin çeşitleri arasında polimorfik olduğu belirlenmiştir. Genin karakterize edilmesi için gerekli zeytin örnekleri Edremit Zeytincilik Araştırma Enstitüsü’nden temin edilmiştir. Zeytin örnekleri sıvı azot içerisinde labaratuvara getirilmiş ve -80 °C’de muhafaza edilmiştir. Örnek toplama her ayın belirli günlerinde yapılmıştır. Aynı zamanda zeytin örneklerinin ‘var yılı’ ve ‘yok yılı’ zamanlarına göre toplanmasına özen gösterilmiş, genin dokusal ve zamansal sentez haritası çalışmaya dahil edilmiştir. Genin dokusal ekspresyon seviyelerinin belirlenebilmesi için zeytine ait; sürgün, meyve, çiçek, tomurcuk dokuları toplanmıştır. Ekspresyon seviyesinin en fazla olduğu dokunun olgun meyve olduğu belirlenmiştir.

The molecular characterization of a cDNA of olive (Olea europaea L.) was carried out in this study. Olive tissue and organ samples were collected from Edremit Olive Research Institute in order to use for characterization of the gene. The olive samples were kept in liquid nitrogen during transportation to the laboratory. Bioinformatics analysis results showed that the cDNA was similar to gliserofosfodiester phosphodiesterase (GPPDE) gene. GPPDE exists in various living organisms including bacteria, yeast, mammals, and plants. Previous studies reported existence of different types of the gene in different species. According to results obtained from bioinformatic analysis of the gene, mRNA consisted of 2250 nucleotides, 749 amino acids as well as 7 exons and 6 introns. The molecular weight of mRNA was found to be 84119.6 kDA whereas the GC ratio was 34.35%. The results also indicated that the gene contained high proportion of serine amino acid. Polymorphism analysis revealed that gene was polymorphic. Harvesting of olives was considered according to their ‘on year’ and ‘off year’ seasons and the spatial and temporal expression pattern determination was included to the study. To determine spatial expression level of the gene, tissues were collected from shoots, fruits, flowers and buds. The highest expression level of the gene was found in mature fruits.