Türkiye'de yetişen Inula L. (Asteraceae) türlerinin moleküler sistematik analizi ve ekolojisi

Abstract

Asteraceae bir bitki grubu olarak, doğal kimyası, çiçeklenme morfolojisi ve habitata adaptasyonu ile kozmopolit bir familyadır. Çalışma materyali olan Inula, Asteraceae familyasının Inuleae tribusune aittir. Bu çalışma, Türkiye'de yayılış gösteren Inula L. cinsine ait türlerin moleküler sistematik analizini ve ekolojisini içermektedir. Bu çalışmada fenol-kloroform-izoamil alkol ve ticari kit (Sigma) metodu kullanılarak Türkiyede'ki Inula taksonları iç grup, Carlina lanata ve Carlina vulgaris taksonları dış grup seçilerek DNA izolasyonu yapıldı. Literatürde sıklıkla kullanılan ve güvenirliliği kanıtlanmış ITS (Internal Transcribed Spacer) nükleer ribozomal DNA (nrDNA) bölgesinin dizileri, trnL-F ve ndhF (cpDNA) dizileri moleküler işaretleyici olarak kullanılması ile Inula taksonlarının moleküler sistematik analizi yapıldı. Filogenetik analiz için edilen dizilerin işlenmesi için Bioedit, FinchTV ve Sequencher 4,10,1 programları, dizilerin hizalanması için ClustalW programı ve filogenetik analiz için PAUP 4,0b10 programı kullanılmıştır. Karakter temelli yöntemlerden Maksimum Parsimoni kriteri kullanılarak Heuristic Search ağaçları oluşturulmuştur. Yine parsimoni kriteri kullanılarak Boostrap analizi yapılmıştır. Mesafe temelli yöntemlerden ise UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) ve NJ (Neighbour Joining) analizi yapılmıştır. Sonuç olarak daha önce Inula üzerine yapılan filogenetik çalışmalar bizim çalışmalarımızı desteklemiştir. Ekolojik çalışmalarda ise, değişik lokalitelerden alınan toprak örneklerinin pH'ına, tekstür, organik madde, E.C (tuz), CaCO3, P, K, Zn, Fe, Cu ve Mn değerlerine bakılmıştır. Taksonların çoğu, nötr, tuzsuz, killi, killi-tınlı, potasyumca eksik ve iz elementlerce yeterli toprakları tercih etmektedirler.

Asteraceae, as a plant group, is a cosmopolitan family in terms of natural chemistry, flowering morphlogy and adaptation to habitat. Study material under consideration Inula belongs to the tribe Inuleae of the family Compositae. In this study, molecular systematic analysis and ecology features of genus Inula L. was investigated in Turkey. DNA Isolation was performed using phenol- chloroform- isoamylalcohol and commercial cit (Sigma) slecting Inula as ingroup taxa Carlina lanata and Carlina vulgaris as outgroup taxa ITS (Internal Transcribed Region) of the nuclear ribosomal DNA (nrDNA), trnL-F region and ndhF (cpDNA) DNA sequences which were used as molecular markers, taxa belonging to the genus Inula distributed in Turkey were analyzed molecular phylogenetically. Before the phylogenetic analysis, DNA sequences were aligmend using Bioedit, FinchTV and sequences 4.10.1 the sequences were aligment using the ClustalW and the phylogenetic analysis was performed using the PAUP 4.0b10 sofware. The character based method parsimony was used as the criterion with a heuristic search option and the Maximum Parsimony criterion was based on the character and the public by using Heuristic Search trees was created. Again using the Bootstrap analysis have been made to the criterion of parsimony. Distance-based methods, the UPGMA (Unweighted Pair Group Method of Arithmetic Average) and NJ (Neighbour Joining) analyses were made. Prior phylogenetic studies on Inula are in parallel with the results of our research. In ecological studies, pH, texture, organic matter, E.C. (salt ratio), CaCO3, P, K, Zn, Fe, Cu and Mn values of soil samples taken from various places were examined. Most of the taxa prefer neutral, non-saline, clayey, clay-loamy, low in potassium and sufficient in trace elements soils.