Türkiye'de yetişen Carlina L. (Asteraceae, Carduae) türlerinin morfolojik ve moleküler filogenetik analizi

Abstract

Asteraceae bir bitki grubu olarak; doğal kimyası, çiçeklenme morfolojisi, habitata adaptasyonu ile kozmopolit bir familyadır. Birçok taksonomik ve yeni moleküler filogenetik çalışmalar olmasına rağmen, Asteraceae familyasının kökeni tamamen tanımlanamamıştır. Çalışma materyali olan Carlina L. cinsi Asteraceae familyasının Carduoideae subfamilyasının Cardueae tribusune dahildir. Cardueae tribusu tartışmalı bir gruptur ve geleneksel sınıflamada 4 alttribus'a (Echinopsidinae, Carlininae, Carduinae ve Centaurenae) ayrılır. Carlina cinsi Türkiye Florasında C. lanata, C.vulgaris, C.tragacanthifolia, C. biebersteinii, C. intermedia, C. oligocephala, C. involucrata subsp. libanotica, C. corymbosa, C.graeca türleriyle temsil edilmektedir. Bu çalışmada Fenol-Kloroform-İzoamilalkol metodu kullanılarak, Türkiye'deki Carlina taksonları iç grup olarak ve Atractylis, Cardopatium ve Carthamus taksonları dış grup olarak seçilerek DNA izolasyonu yapıldı. Literatürde sıklıkla kullanılan güvenilirliği kanıtlanmış ITS (Internal Transcribed Spacer) nükleer ribozomal DNA (nrDNA)) bölgesinin dizileri ve trnL-F (Transfer Kloroplast'ın tRNA'larını kodlayan L-F bölgesi) bölgesinin dizilerinin moleküler işaretleyici olarak kullanımıyla Carlina cinsine ait Türkiye de yetişen taksonlarının morfolojik ve moleküler filogenetik analizi yapıldı. Yapılan filogenetik analiz için elde edilen dizilerin işlenmesinde Sequencher 4.10.1 programı, dizilerin hizalanmasında ClustalW programı ve filogenetik analiz için PAUP 4.0b10 programı kullanılmıştır. Karakter temelli yöntemlerden Maksimum Parsimoni kriteri kullanılarak Heuristic araştırma yapılmıştır ve ortak karar uyumluluk (konsensus) ağaçları oluşturulmuştur. Yine parsimoni kriteri kullanılarak Bootstrap analizi yapılmıştır. Mesafe temelli yöntemlerden ise UPGMA (Unweighted Pair-Group Metod of Arithmetic Avarage) ve NJ (Neighbour Joining) analizleri yapılmıştır. Daha önce yapılan çalışmalarda; Carlina, Cardopatium ve Atractylis cinsleri Carlininae alt tribusuna da yer almıştır. Elde edilen veriler bu çalışmaları desteklemektedir.

Asteraceae, as a plant group, is a cosmopolitan family in terms of natural chemistry, flowering morphology, and adaptation to habitat. Even if there are numerous taxonomic and new molecular phylogenetic studies, the ancestors of the Asteraceae family are not well defined. Study material under consideration, Carlina L., is a member of the tribe Cardueae which belong to Carduoideae subfamily of the Asteraceae. The tribe Cardueae is a group still debated and according to traditional classification it can be divided into 4 subtribes (Echinopsidinae, Carlininae, Carduinae and Centaurenae ). The genus Carlina is represented by the species in The Flora of Turkey and The East Aegean Island as C. lanata, C. vulgaris, C. tragacanthifolia, C. biebersteinii, C. intermedia, C. oligocephala, C. involucrata subsp. libanotica, C. corymbosa, C.graeca. DNA Isolation was performed using phenol- chloroform- isoamylalcohol, slecting Carlina as ingroup taxa and Cardopatium, Atractylis and Carthamus as outgroup taxa ITS (Internal Transcribed Region) of the nuclear ribosomal DNA(nrDNA) and the trnL-F (Transfer RNA coding) region of the chloroplast DNA sequences which were used as molecular markers, taxa belonging to the genus Carlina distrubuted in Turkey were analyzed morphologically and molecular phylogenetically. Before the phylogenetic analysis, DNA sequences were aligmend using the sequences 4.10.1 the sequences were aligmend using the ClustalW and the phylogenetic analysis was performed using the PAUP 4.0b10 sofware. The character based method parsimony was used as the critesion with a heuristic search option and the Maximum Parsimony criterion was based on the character and the public by using Heuristic methods to research decision (consensus) trees was created. Again using the Bootstrap analysis have been made to the criterion of parsimony. Distance-based methods, the UPGMA (Unweighted Pair Group Method of Arithmetic Average) and NJ (Neighbour Joining) analyses were made. In studies done before Carlina, Cardopatium ve Atractylis has taken Carlininae subtribus. The work of resulting data support it.