Glukoz-6-Fosfat-1-Epimeraz ve Mikrobütül ilişkili protein genlerinin biyoinformatik analizi

Abstract

Zeytin (Olea europaea L.) herzaman yeşil, ağaç boyu 4 ile 8 metre arasında değişen her dem yeşil, uzun ömürlü ve Akdeniz iklimine özgü bir bitkidir. Ülkemizin Akdeniz tarımına uygun topraklarında yetiştiği için ekonomik öneme sahiptir. Bu çalışmada zeytin mevye cDNA kütüphanesinden seçilen tahmini Glukoz-6-Fosfat-1-Epimeraz (UPK 195 ) ve Mikrotübil İlişkili Protein (UPK 184) Geninin karakterizasyonu ve genin işlevinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Biyoinformatik analizi için nükleotid ve protein BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3 ve SOSUI programları kullanılmış, moleküler karakterizasyon çalışmaları için ise polimorfizm, anlık gösterimli (real-time) PCR, klonlama, transformasyon ve Western Blot yöntemleri uygulanmıştır. Bioinformatik analizler sonucunda; gDNA dizisi ile yapılan analizlerde zeytin tahmini UPK 195 kodlu genimizin Ricinus communis(Hint yağı) bitkisine ve protein benzerliği olarakta Sesamum indicum bitkisine benzediği görülmüştür. Gen ifadesi çalışmalarında cDNA dizisi pLATE51 vektörü kullanılarak E.coli (DH10B ve BL21) bakteri suşlarına transforme edilip, gen ekspresyonu IPTG ile indüklenme sağlanmıştır. UPK 195 kodlu genimizin 174 aa asit kodladığı, yaklaşık olarak 20 kDA ağırlığında bir protein olduğu ve en çok serin amino asitini kodladığı görüldü. UPK 184 kodlu genin ise 258 aa asit kodladığı, 29 kDA ağırlığında bir protein olduğu ve en çok serin,lösin, amino asitlerini içerdiği tespit edilmiştir.

Olives (Olea europaea L.) are always green, long-lasting and unique to the Mediterranean climate. The length of the tree is between 4 and 8 meters. It has economic importance because it grows on the land suitable for Mediterranean agriculture of our country. The aim of this study was to determine the characterization and function of Glucose-6-Phosphate-1-Epimerase (UPK 195) and Microtubable Associated Protein (UPK 184) gene selected from olive cDNA library. Nucleotide and protein BLAST, BioEdit, FinchTV, Primer3 and SOSUI programs were used for bioinformatics analysis and polymorphism; real-time PCR, cloning, transformation and Western Blot methods were used for molecular characterization studies. As a result of bioinformatics analysis; The analysis of the gDNA sequence revealed that the predicted UPK 195 gene of olives was similar to Ricinus communis (Sesame oil indicum) and protein similarity. In gene expression studies, the cDNA sequence was transformed into E.coli (DH10B and BL21) bacterial strains by using pLATE51 vector and gene expression was induced by IPTG. Our UPK 195 gene was found to encode 174 aa acid, a protein weighing approximately 20 kDA, and most likely encoded serine amino acid. It was found that the gene coded UPK 184 encodes 258 aa acid, is a protein weighing 29 kDA and contains mostly serine, leucine, amino acids.