Türkiye'de yayılış gösteren Cyclamen L. (Primulaceae) cinsine ait taksonların ITS nrDNA dizilerine dayalı filogenetik analizi

Abstract

Cyclamen Primulaceae familyasına ait bir cinstir. Türkiye'de yetişen 10 türü (13 takson) vardır. Ülkemizin birçok yerinde yayılış göstermektir bunun yanında birçok taksonu endemiktir. Türleri üzerinde birçok çalışma yapılmış olmasına rağmen, moleküler sistematik açıdan ülkemizde herhangi bir araştırma yapılmamıştır. Türkiye'nin farklı yerlerinde yetişen bu bitkinin taksonları için farklı zamanlı arazi çalışmaları yapılmıştır. DNA izolasyonları, fenol-kloroform-izoamilalkol metodu ya da hazır kitler kullanılarak yapılmıştır. Sonrasında PCR reaksiyonları ITS primerleri kullanarak tamamlanmış ve sekanslama reaksiyonları gerçekleştirilmiştir. Elde edilen ham dizilerin filogenetik analize hazırlanmadan önce işlenmiştir. Bu dizilerin daha sonra CLUSTAL W programıyla hizalamaları yapılarak PAUP* programıyla da filogenetik analizi tamamlanmıştır. Yapılan filogenetik analiz sonucunda Cyclamen taksonlarına ait parsimoni ölçütü ve genetik uzaklık kıstası altında soyağaçları elde edilmiştir. Elde edilen bu soyağaçlarına göre Türkiye'de yayılış gösteren Cyclamen taksonlarının arasındaki ilişkiler belirlenmiştir. Oluşturulan ağaçların hepsinde dış grup olarak kullanılan Primula Cyclamen taksonlarından bariz şekilde ayrılmıştır. Bazılarının çok yakın akrabalık ilişkisi gösterirken, bazı taksonların genetik olarak diğerlerinden çok daha fazla farklılaşma gösterdiği görülmüştür. Dış grup olarak kullanılan Primula taksonları %100 lük bi değerle diğerlerinden ayrılmıştır. Consensus ağacında politomi oluşmuştur. Bootstrap ile 4 klad elde edilmiştir.

Cyclamen species belong to the Primulaceae family consisting of 10 species (13 taxa) distributed in Turkey. They are found in many places in the country. Besides that, their many taxa are endemic. Even though species have been investigated many times, there has not been any molecular systematic research conducted in Turkey. First, field research was performed for the plant material collection. DNA isolations were conducted via phenol-chloroform-isoamyl alcohol method or prepackaged kits. Afterwards, PCR reactions were completed with using ITS primers and sequencing reactions were performed. The processing part before preparing the obtained raw sequences for phylogenetic analysis was conducted visually. Thereafter, alignments of these sequences were made via CLUSTAL X and the phylogenetic analysis was performed using the PAUP* program. As a result of the phylogenetic analysis for the Cyclamen taxa under the parsimony and genetic distance criterions, the phylogenies were obtained. Primula taxa, which is used as an outer group in all of the trees formed, is clearly separated from Cyclamen taxa. While some have very close kinship relationships, some taxa are genetically differentiated from others. Primula taxa used as an external group are separated from the others with a value of 100%. Politomy was formed in Consensus tree. 4 clads were obtained with bootstrap.