Detection and molecular characterization of canine coronavirus based on partial membrane gene sequences
View/ Open
Access
info:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/us/Date
2024Metadata
Show full item recordAbstract
Canine coronavirus (CCoV) infection in dogs is common all over the world and progresses with gastroenteritis
findings. Infection as a result of complications with secondary factors may result in death, especially in
puppies. The virus, which is excreted in the feces, spreads indirectly through the contamination of food,
water, and the environment. This study, it was aimed at revealing the CCoV infection and obtaining current
molecular information about the infection. In addition, molecular characterization of CCoV strains circulating
in the region was made based on the M (membrane protein) gene. The study material consisted of stool
samples from 12 dogs with gastroenteritis findings. The amplified PCR products were subjected to sequence
analysis and a phylogenetic tree was constructed by comparing them with different reference CCoV isolates
from GenBank. In the phylogenetic tree, 1 of the 5 positive samples was determined to be CCoV-I, and 4
samples were determined to be CCoV-IIa. It was determined that the strains obtained were 85.4 - 97.7%
similar among themselves and 82.7-98% similar to other strains obtained from GenBank. As a result of study,
current molecular information about CCoV circulating in the Balıkesir region was obtained. With this study, it
is thought that new research on the existence and molecular epidemiology of CCoV infection in Türkiye will
make important contributions to vaccine studies and the control of infection. Köpeklerin Koronavirus (CCoV) enfeksiyonu tüm dünyada yaygın olarak görülmekte ve gastroenteritis
bulguları ile seyretmektedir. Sekonder etkenlerle komplikasyon sonucunda enfeksiyon, özellikle yavru
köpeklerde ölümle sonuçlanabilir. Dışkı ile atılan virus, dışkının yeme, suya ve çevreye bulaşmasıyla indirekt
olarak yayılır. Yapılan bu çalışmada CCoV enfeksiyonunun ortaya konması, enfeksiyona ilişkin güncel
moleküler bilgilerin elde edilmesi amaçlanmıştır. Ayrıca, bölgede dolaşan CCoV suşlarının M (membran
proteini) genine dayalı moleküler karakterizasyonu da yapılmıştır. Çalışma materyalini, gastroenteritis
semptomları gösteren 12 adet köpeğe ait gaita örneği oluşturdu. PCR ürünleri saflaştırdıktan sonra sekans
analizine tabi tutuldu ve GenBank veri tabanından sağlanan farklı referans CCoV izolatları ile karşılaştırılarak
filogenetik ağaç oluşturuldu. Filogenetik analiz sonucu 5 pozitif örnekten, 1 adedinin CCoV-I, 4 adet örneğin
ise CCoV-IIa olduğu tespit edildi. Elde edilen suşların kendi aralarında %85.4-%97.7 oranında, GenBank veri
tabanından elde edilen diğer suşlarla aralarında %82,7-%98 oranında benzerlik olduğu tespit edildi. Çalışma
sonucunda, Balıkesir bölgesinde sirküle olan CcoV’ye yönelik güncel moleküler bilgiler elde edilmiştir. Bu
çalışma ile, Türkiye’de CCoV enfeksiyonunun varlığına ve moleküler epidemiyolojisine ilişkin yapılacak yeni
araştırmaların aşı çalışmalarına ve enfeksiyonun kontrolüne önemli katkılar sağlayacağı düşünülmektedir.
Source
Van Veterinary JournalVolume
35Issue
1Collections
The following license files are associated with this item: