Zeytin Açil-KoA bağlanma proteininin moleküler karakterizasyonu

Abstract

Zeytin (Olea europaea L.) her dem yeşil, uzun ömürlü, Akdeniz iklimine özgü ve tanen, uçucu yağlar, organik asitler ile rezin açısından zengin bir ağaç türüdür. Bu çalışmada zeytin mevye cDNA kütüphanesinden elde edilen tahmini Açil-KoA bağlanma proteininin (ACBP) karakterizasyonu ve genin işlevinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. ACBP’nin bitkilerde dört sınıfa ayrılır, moleküler ağırlığı yaklaşık 10 - 73 kDa arasında değişir, hidrofobiktir ve stres yanıtı, bitki embriyo gelişimi, yaprak yaşlanması, patojen direnci ile lipid metabolizmasında rol alır. Zeytin Açil-KoA bağlanma proteininin (OeACBP) biyoinformatik analizi için nükleotid ve protein BLAST, BioEdit, FinchTV, CLC Genomics Workbench, Primer3, SOSUI, SignalP ve TMHMM programları kullanılmış, moleküler karakterizasyon çalışmaları için ise polimorfizm, anlık gösterimli (real-time) PCR, klonlama, transformasyon ve Western Blot yöntemleri uygulanmıştır. Biyoinformatik analizler sonucunda OeACBP’nin; 88 aminoasitten oluşan ve en çok glutamik asit, alanin ile lizin içeren, 10 kDa moleküler ağırlığında, hidrofobik, optimum pH değeri 5.85 olan bir protein olduğu tespit edilmiştir. Moleküler karakterizasyon çalışmaları sonucunda OeACBP geninin polimorfik olduğu ve en çok meyvede ifade edildiği tespit edilmiştir.

Olive (Olea europaea L.) is an evergreen perennial tree that is special to Mediterranean climate and rich in tannins, essential oils, organic acids and resins. In this study it was aimed to characterize a putative acyl KoA binding protein (ACBP) that was obtained from a fruit cDNA library, and determine its function. In plants, ACBP contains four classes. The proteinn is hydrophobic and its molecular weight varies from 10 to 73 kDa. The gene has functions in stress response, plant embryo development, leaf aging, patogen resistance and lipid metabolism. BioEdit, FinchTV, CLC Genomics Workbench, Primer3, SOSUI, SignalP and TMHMM nucleotid and protein BLAST programs were utilized for bioinformatic analyses of ACBP while polimorphism, real time PCR, cloning, transformation and Western Blot analyses were applied for molecular characterization studies. The bioinformatic analysis revealed that OeACBP was a protein consisting of 88 amino acids (most of the amino acids were glutamic acid, alanine and lysine), 10 kDa molecular weight, hydrofobic, with an optimum pH of 5.85. Molecular characterization studies established that OeACBP was polymorphic and it was expressed the most in fruit.