The genomic DNA isolation methods comparative analysis upon some Sideritis ( Labiateae) and Serratula ( Asteraceae) taxa

Abstract

Bitkilerden genomik DNA izolasyonu için farklı izolasyon metotlar bulunmaktadır. Bitkilerin kimyasal içerikleri farklı olduğundan birbirine yakın türler için bile farklı DNA izolasyon yöntemleri gerekebilir. Bu çalışmada aromatik bitkilerden Sideritis L. cinsine ait bazı taksonlar (Sideritis vulcanica Hub.-Mor., Sideritis montana L. subsp. montana, Sideritis gulendamiae H. Duman et Karavelioğulları, Sideritis congesta P.H. Davis et Hub.-Mor. ve Sideritis tmolea P.H. Davis) ile Serratula L. cinsine ait bazı taksonlar (Serratula bornmuelleri Azn, Serratula haussknechtii Boiss., Serratula serratuloides (DC) Takht. ve Serratula hakkiarica P.H. Davis,) kullanılmıştır. Bu çalışmada fenol- chloroform-izoamil alkol izolasyon protokolü, CTAB protokolü ve ticarî DNA izolasyon kiti (Sigma, Almanya) kullanılmıştır. Elde edilen gDNA örneklerinin miktarları ve saflık dereceleri jel elektroforezi ve spektrofotometre (A260 / A280) ölçümleriyle belirlenmiştir. Taksonlar üzerinde yapılan çalışmanın sonuçlarına göre, 1 ?l stokda ng cinsinden en çok DNA elde edilmesini sağlayan yöntemin CTAB olduğu görülmüştür.

There are different protocols for DNA isolation from plants. Due to variation in chemical composition of plants, different DNA isolation methods may be necessary for closely related species. In this study, some species belonging to aromatic plant genus Sideritis L. (Sideritis vulcanica Hub.-Mor., Sideritis montana L. subsp. montana, Sideritis gulendamiae H. Duman et Karavelioğulları, Sideritis congesta P.H. Davis et Hub.-Mor. and Sideritis tmolea P.H. Davis) and some species belonging to the genus Serratula L. (Serratula bornmuelleri Azn, Serratula haussknechtii Boiss., Serratula serratuloides (DC) Takht., and Serratula hakkiarica P.H. Davis) were used. The methods used in this investigation included Phenol-chloroform-isoamyl alcohol isolation procedure, CTAB DNA isolation procedure, and procedure from a commercial kit. Purity and the amount of obtained gDNAs were determined via gel electrophoresis and spectrophotometry (A260/A280). Analysis of the results suggested that the CTAB method was the most appropriate for genomic DNA isolation from the taxa in question, to obtain the greatest amount in 1 #956;l stock solution as the ng amount.